Microbiology
STUDY OF MICRO ORGANISMS
LABORATORIUM ONDERZOEKEN
Voor microbiologische laboratoriumonderzoeken geldt dat alle materialen, niet zijnde bloedbuizen, direct na afname tussen 4 en 8 graden Celsius bewaard dienen te worden gedurende maximaal 48 uur, alvorens in behandeling genomen te worden in het laboratorium. Klik op de gewenste link voor aanvullende informatie.
Algemene informatie
Acanthamoeba is een parasiet die keratitis kan veroorzaken. Met name contactlenzen die niet goed schoongemaakt zijn kunnen deze infectie veroorzaken. Acanthamoeba komen voor in water. Aantonen van de parasiet gebeurt met behulp van kweek of PCR.
Bepaling
Kweek
Techniek
Kweek op amoebe –platen met E.coli
Indicatie
Patiënt verdacht voor Acanthamoeba keratitis
Materiaal
Corneaschraapsel of lenzen(vloeistof)
Benodigd volume
NVT
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
Zie doorlooptijden bacteriologie
Resultaat
Acanthamoeba positief/negatief
Opmerkingen
Rendement van kweek door transporttijden niet optimaal, gelieve PCR Bepaling aan te vragen.
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Acanthamoeba is een parasiet die keratitis kan veroorzaken. Met name contactlenzen die niet goed schoongemaakt zijn kunnen deze infectie veroorzaken. Acanthamoeba komen voor in water. Aantonen van de parasiet gebeurt met behulp van kweek of PCR.
Bepaling
Kweek
Techniek
Kweek op amoebe –platen met E.coli
Indicatie
Patiënt verdacht voor Acanthamoeba keratitis
Materiaal
Corneaschraapsel of lenzen(vloeistof)
Benodigd volume
NVT
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
Zie doorlooptijden bacteriologie
Resultaat
Acanthamoeba positief/negatief
Opmerkingen
Rendement van kweek door transporttijden niet optimaal, gelieve PCR bepaling aan te vragen.
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Acanthamoeba is een parasiet die keratitis kan veroorzaken. Met name contactlenzen die niet goed schoongemaakt zijn kunnen deze infectie veroorzaken. Acanthamoeba komen voor in water. Aantonen van de parasiet gebeurt met behulp van kweek of PCR.
Bepaling
PCR op Acanthamoeba
Techniek
PCR
Indicatie
Patiënt verdacht voor Acanthamoeba keratitis
Materiaal
Oog Eswab, steriele container(lenzenvloeistof, etc)
Benodigd volume
NVT
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
2 weken
Resultaat
Acanthamoeba positief/negatief
Opmerkingen
VerzendBepaling naar het Maasstadziekenhuis Rotterdam
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Actinomyces is een verwekker van ontstekingen. Deze ontstekingen bevinden zich vaak in de kaak of hals en gaan gepaard met de vorming van etterende niet genezende fistels. Actinomyces is aan te tonen door middel van kweek en een gram preparaat.
Bepaling
Kweek
Techniek
Kweken op anaerobe media
Indicatie
Patiënt verdacht voor Actinomyces infectie
Materiaal
Pus, weefsel, Bal, IUD
Benodigd volume
NVT
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
Zie doorlooptijden bacteriologie
Resultaat
Kweek positief of negatief
Opmerkingen
NVT
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Voor de diagnostiek naar een adenovirus infectie of reactivatie zijn meerdere Bepalingen beschikbaar. De vraagstelling bepaalt welke diagnostiek meest zinvol is. Voor het aantonen van een acute adenovirus infectie van de conjunctivae, luchtwegen, urinewegen of CZS is een adenovirus PCR Bepaling op het bijbehorende Materiaal de meest gevoelige en specifieke methode. Een systemische infectie met adenovirus, die voornamelijk bij immuun gecompromitteerde patiënten optreedt, wordt het beste aangetoond middels een kwantitatieve adenovirus PCR in EDTA-plasma. Voor de diagnostiek naar een enterale adenovirus infectie is de PCR Bepaling in faeces nu de standaard: Echter omdat adenovirus gedurende langere tijd na de acute infectie met de faeces uitgescheiden kan worden is de klinische betekenis van een positieve uitslag niet altijd zeker. Om deze reden wordt aanvullend meteen gekeken of het aangetoonde adenovirus behoort tot de serotypes 40 en 41 welke vooral voorkomt als een verwekker van virale gastro-enteritis bij kinderen. Serologie naar een recente adenovirusinfectie heeft weinig directe consequenties op het klinisch beleid en wordt in de praktijk zelden uitgevoerd. Het direct aantonen van het virus middels PCR is de voorkeursdiagnostiek.
Bepaling
Specifiek DNA (Adeno-PCR kwalitatief / kwantitatief)
Techniek
Real time Taqman PCR op Abiprism platform/ in house
Indicatie
Aantonen van een actief adenovirus infectie
Materiaal
EDTA, liquor, oogwat, urine, weefsel, faeces, respiratoire materialen
Benodigd volume
EDTA: 10 ml; liquor en urine: 1-2 ml; faeces: 1 gram; biopt: 2 mm2; respiratoire materialen: 2 ml
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
2 weken
Resultaat
EDTA, liquor en urine: aantal kopieën per ml; ander materialen kwalitatief: positief, negatief
Opmerkingen
De adenovirus PCR Bepaling is de gouden standaard voor het aantonen van een adenovirusinfectie. Dit is een verzendBepaling naar UMCU
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Indien de aanvraag “kweek” of “banale kweek” is, en het Materiaal is geschikt om anaeroben van te kweken, dan hoeft u niet specifiek anaeroben aan te vragen.
Bepaling
Kweek onder anaerobe omstandigheden
Techniek
Kweken op anaerobe media
Indicatie
Verdacht voor een anaerobe infectie
Materiaal
Pus, weefsel en watjes in transport medium (eswab)
Benodigd volume
NVT
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
Zie doorlooptijden bacteriologie
Resultaat
Kweek positief of negatief voor anaëroben
Opmerkingen
Van deze materialen zal ook altijd een banale kweek ingezet worden.
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Aspergillus is een schimmel. Galactomannan is een antigeen dat voorkomt op de celwand van de Aspergillus. Met behulp van de antigeenBepaling van Aspergillus en de kweek kan een infectie met een Aspergillus aangetoond worden.
Bepaling
AntigeenBepaling van Aspergillus
Techniek
Sandwich ELISA
Indicatie
Aantonen van een aspergillose of aspergilloom
Materiaal
Serum, liquor, BAL of bronchusspoelsel
Benodigd volume
500 µl
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
1 week
Resultaat
Positief / negatief (met een waarde)
Opmerkingen
Dit is een verzendBepaling naar UMCU
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Diagnostiek naar een Astrovirus infectie berust op het aantonen van viraal RNA in faeces. De PCR Bepaling is de meest gevoelige methode om een infectie vast te stellen en is de standaardBepaling voor het aantonen van een astrovirus infectie. De Bepaling maakt onderdeel uit van het PCR virale GI-panel.
Bepaling
Virusspecifiek RNA voor astrovirus
Techniek
Commercial Two tube multiplex plus add-on singleplex for detection of norovirus G1, G2, astrovirus, rotavirus, adenovirus, sapovirus. Multiplex Real-Time PCR for detection of pathogen genes by TaqMan® technology on Roche Lighcycler 480 platform. Biomerieux biofire nested PC.
Indicatie
Aantonen van specifiek astrovirus RNA
Materiaal
Faeces/eswab
Benodigd volume
1 gr
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
2 dagen
Resultaat
Positief / negatief
Opmerkingen
De aanwezigheid van astrovirus specifiek viraal nucleïnezuur kan wijzen op een actieve infectie.
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
PCR methode om de belangrijkste verwekkers van bacteriële gastro-enteritis aan te tonen. Het gaat om de volgende verwekkers: Two tube multiplex for detection of Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Clostridium difficile, Campylobacter coli/jejuni/lari, VTEC and internal control.
Bepaling
PCR op SSYCCE
Techniek
Commercial multiplex for detection of Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Clostridium difficile, Campylobacter coli/jejuni/lari, VTEC 1. Multiplex Real-Time PCR for detection of pathogen genes by TaqMan® technology on the Roche Lighcycler 480 platform . 2. Biomereieux biofire. Nested PCR
Indicatie
Patiënt verdacht voor bacteriële gastro-enteritis
Materiaal
Faeces
Benodigd volume
Minimaal 1 ml/ fecalswab
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
2 werkdagen
Resultaat
Desbetreffende bacterie positief / negatief
Opmerkingen
Indien PCR positief, wordt geprobeerd om de resistentie te bepalen. Er kan ook gekweekt worden (SSYCE). De voorkeur gaat uit naar PCR. In verband met voorkeur van de verzekeraar, kan gekozen worden voor kweek i.p.v. PCR. Indien PCR positief is, wordt (indien mogelijk) getracht het micro-organisme te kweken en een antibiogram te verkrijgen.
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Als een verwekker niet specifiek in de lijst van verwekkers genoemd wordt, komt het betreffende micro-organisme, indien aanwezig, doorgaans uit de banale kweek van het Materiaal (aanvraag “banale kweek” Kweek algemeen” kweek” ). Bij verdenking op specifieke verwekkers, dit graag vermelden op de aanvraag.
Bepaling
Kweek/banale kweek
Techniek
Kweek op media
Indicatie
Patiënt verdacht voor bacteriële infectie
Materiaal
Alle materialen
Benodigd volume
Minimaal 3 ml
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
Zie doorlooptijden bacteriologie
Resultaat
– – –
Opmerkingen
Determinatie en resistentie van het pathogene micro-organisme en de hoeveelheid, (indien relevant).
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Bartonella henselae is een bacterie en de verwekker van kattenkrabziekte. De diagnostiek berust op het aantonen van een IgM respons tegen Bartonella henselae in serum afgenomen in de acute fase van de infectie. De diagnose kan ook gesteld worden door in biopten van klierweefsel of ander Materiaal met behulp van PCR Bartonella henselae specifiek DNA aan te tonen.
Bepaling
IgM antistoffen tegen Bartonella henselae
Techniek
Immuunfluorescentie
Indicatie
Aantonen van een recente infectie met Bartonella henselae
Materiaal
Serum
Benodigd volume
200 µl
Inleverdag
NVT
Uitslag bekend
2 weken
Resultaat
Titer positief, negatief
Opmerkingen
De Bepaling is een verzendBepaling naar Streeklaboratorium Tilburg
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Bartonella henselae is een bacterie en de verwekker van kattenkrabziekte. De diagnostiek berust op het aantonen van een IgM respons tegen Bartonella henselae in serum afgenomen in de acute fase van de infectie. De diagnose kan ook gesteld worden door in biopten van klierweefsel of ander Materiaal met behulp van PCR Bartonella henselae specifiek DNA aan te tonen.
Bepaling
Specifiek DNA van Bartonella henselae (Bartonella PCR)
Techniek
PCR
Indicatie
Direct aantonen van Bartonella henselae DNA in Materiaal van ontstekingshaarden
Materiaal
Weefsel, pus, punctaat, liquor
Benodigd volume
30 µl
Inleverdag
NVT
Uitslag bekend
2 weken
Resultaat
Positief, negatief
Opmerkingen
De Bepaling is een verzendBepaling naar Streeklaboratorium Tilburg
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Diagnostiek naar een BK virus infectie berust op het kwantitatief aantonen van viraal DNA in urine, plasma of ander Materiaal. Het bepalen van antistoffen tegen BK virus is niet zinvol: de seroprevalentie is al op jonge leeftijd zeer hoog en dit gaat gepaard zonder duidelijke symptomatologie. BK virus kan reactiveren in immuun gecompromitteerde patiënten en is bijvoorbeeld geassocieerd met een interstitiële nefritis of een haemorrhagische cystitis.
Bepaling
BK-virus specifiek DNA (BK-PCR kwalitatief / kwantitatief)
Techniek
Kwantitatieve real time Taqman PCR op Abiprism platform/ in house
Indicatie
Aantonen van een actieve BK virusinfectie
Materiaal
Urine, EDTA, liquor, serum
Benodigd volume
EDTA: 10 ml; liquor, urine: 1-2 ml
Inleverdag
NVT
Uitslag bekend
1 week
Resultaat
EDTA, liquor en urine kwantitatief: kopieën/ml. Uitslagen > 100 kopieën/ml worden als waarde gerapporteerd. Uitslagen <100 kopieën/mL worden weergegeven als ondetecteerbaar of als <100/pos. Andere materialen kwalitatief: positief, negatief.
Opmerkingen
De aanwezigheid van BK virus specifiek nucleïnezuur kan wijzen op een actieve infectie. Dit is een verzendBepaling naar UMCU
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
Verwekkers van parasitaire gastro-enteritis. Hierbij wordt een polymerase-kettingreactie (PCR) verricht op de volgende pathogenen: Entamoeba histolytica, Cryptosporidiumum spp., Giardia lamblia.
Bepaling
Commercial one tube multiplex for detection of Entamoeba histolytica, Cryptosporidiumum spp. en Giardia lamblia
Techniek
Multiplex Real-Time PCR for detection of pathogen genes by TaqMan® technology on the Roche Lightcycler 480 platform
Indicatie
Parasitaire gastro-enteritis
Materiaal
Faecespotje / fecalswab
Benodigd volume
5 gram
Inleverdag
dagelijks
Uitslag bekend
2 dagen
Resultaat
– – –
Opmerkingen
PCR positief/negatief voor desbetreffende parasieten
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
De diagnostiek naar een bocavirus infectie berust op het direct aantonen van bocavirus in respiratoir Materiaal. De standaard Bepaling hiervoor is de PCR-Bepaling. De rol van bocavirus als respiratoir pathogeen is nog weinig onderbouwd.
Bepaling
Bocavirus specifiek DNA (HBoV-PCR)
Techniek
Real time Taqman PCR op ABIprism platform/ in house
Indicatie
Aantonen van een acute infectie met humaan bocavirus
Materiaal
Respiratoir Materiaal, Eswab
Benodigd volume
2 ml
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
1 week
Resultaat
Positief, negatief
Opmerkingen
VerzendBepaling UMCU
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
De diagnose Bof wordt vaak al op het klinisch beeld, een epidemische parotitis, vastgesteld. De ziekte komt voor bij ongevaccineerde personen, maar ook bij (deels) gevaccineerde personen. De diagnose wordt bevestigd door in het serum IgM tegen bofvirus, een seroconversie van IgG antistoffen of een viervoudige titerstijging van IgG antistoffen tegen bofvirus aan te tonen. Voor het aantonen van een titerstijging is het nodig een serum af te nemen bij presentatie (serum 1) en 14 dagen later (serum 2). Bij een re-infectie met bofvirus of een primo-infectie bij (deels) gevaccineerden is de IgM respons minder sensitief voor het aantonen van een recente infectie dan bij een primo-infectie in ongevaccineerde personen. Voor de screening naar de immuniteit tegen bofvirus volstaat het IgG antistoffen in serum te meten. Het bofvirus zelf kan door middle van pcr aangetoond worden uit speeksel, urine en liquor.
Bepaling
IgG antistoffen tegen bofvirus (Bof-IgG)
Techniek
ELISA
Indicatie
Aantonen van een recente infectie of in het verleden doorgemaakte infectie met bofvirus
Materiaal
Serum, plasma (edta)
Gewenst volume
3 ml
Benodigd volume
300 µl
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
2 weken
Resultaat
Ratio positief, grens, negatief
Opmerkingen
Voor het aantonen van een recente infectie uitgevoerd in combinatie met IgM Bepaling. Voor immuniteitsscreening volstaat alleen IgG Bepaling. VerzendBepaling UMCU.
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
De diagnose Bof wordt vaak al op het klinisch beeld, een epidemische parotitis, vastgesteld. De ziekte komt voor bij ongevaccineerde personen, maar ook bij (deels) gevaccineerde personen. De diagnose wordt bevestigd door in het serum IgM tegen bofvirus, een seroconversie van IgG antistoffen of een viervoudige titerstijging van IgG antistoffen tegen bofvirus aan te tonen. Voor het aantonen van een titerstijging is het nodig een serum af te nemen bij presentatie (serum 1) en 14 dagen later (serum 2). Bij een re-infectie met bofvirus of een primo-infectie bij (deels) gevaccineerden is de IgM respons minder sensitief voor het aantonen van een recente infectie dan bij een primo-infectie in ongevaccineerde personen. Voor de screening naar de immuniteit tegen bofvirus volstaat het IgG antistoffen in serum te meten. Het bofvirus zelf kan door middle van pcr aangetoond worden uit speeksel, urine en liquor.
Bepaling
IgM antistoffen tegen bofvirus (Bof-IgM)
Techniek
ELISA
Indicatie
Aantonen van een recente infectie met bofvirus
Materiaal
Serum, plasma (edta)
Gewenst volume
3 ml
Benodigd volume
300 µl
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
2 weken
Resultaat
Positief, grens, negatief
Opmerkingen
Wordt alleen in combinatie met IgG Bepaling uitgevoerd. VerzendBepaling UMCU.
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
De diagnose Bof wordt vaak al op het klinisch beeld, een epidemische parotitis, vastgesteld. De ziekte komt voor bij ongevaccineerde personen, maar ook bij (deels) gevaccineerde personen. De diagnose wordt bevestigd door in het serum IgM tegen bofvirus, een seroconversie van IgG antistoffen of een viervoudige titerstijging van IgG antistoffen tegen bofvirus aan te tonen. Voor het aantonen van een titerstijging is het nodig een serum af te nemen bij presentatie (serum 1) en 14 dagen later (serum 2). Bij een re-infectie met bofvirus of een primo-infectie bij (deels) gevaccineerden is de IgM respons minder sensitief voor het aantonen van een recente infectie dan bij een primo-infectie in ongevaccineerde personen. Voor de screening naar de immuniteit tegen bofvirus volstaat het IgG antistoffen in serum te meten. Het bofvirus zelf kan door middle van pcr aangetoond worden uit speeksel, urine en liquor.
Bepaling
Virusspecifiek RNA van bofvirus (Bof-PCR)
Techniek
Real time Taqman PCR op Abiprism platform/ in house
Indicatie
Aantonen van een recente infectie
Materiaal
Mond/keel Eswab, urine, liquor
Benodigd volume
2 ml
Inleverdag
Maandag t/m vrijdag
Uitslag bekend
1 week
Resultaat
Positief, negatief
Opmerkingen
De aanwezigheid van bof virus specifiek viraal nucleïnezuur kan wijzen op een actieve infectie. VerzendBepaling UMCU
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
De diagnostiek naar Bordetella pertussis, verwekker van kinkhoest, berust op aantonen van bordetella specifiek nucleïnezuur middels PCR en op serologie. De keuze voor PCR of serologie is afhankelijk van de ziekteduur. Bij een ziekteduur van minder dan drie weken kan B. pertussis nog vaak in Materiaal van de nasopharynx worden aangetoond. PCR heeft in die situatie de voorkeur vanwege de snelheid waarmee de Uitslag bekend wordt. Een negatieve PCR sluit een bordetella infectie echter niet uit en dient vervolgd te worden met serologie. Als de ziekteduur langer dan drie weken is heeft serologie de voorkeur, behalve bij kinderen <1 jaar bij wie PCR en/of kweek zinvol is ongeacht de ziekteduur. De antistofrespons wordt beïnvloed door leeftijd, vaccinatiestatus, reeds eerder doorgemaakte infectie en tijdsverloop sinds de eerste ziektedag. Eénpuntsserologie kan volstaan, maar afhankelijk van de uitslag van het eerste monster kan een tweede serummonster nodig zijn. De immuunrespons kan traag verlopen. Personen die recent (< 1 jaar terug) gevaccineerd zijn met kinkhoestvaccin is tweepuntsserologie noodzakelijk om door middel van titerstijging een recente infectie aan te tonen. Vaccinatie met het accellulaire kinkhoestvaccin kan namelijk een sterke antistofrespons veroorzaken waardoor éénpuntsserologie niet meer betrouwbaar is.
Bepaling
Antistoffen tegen Bordetella pertussis
Techniek
IgA en IgG Bepaling middels ELISA
Indicatie
Aantonen van een recente infectie met B. pertussis
Materiaal
Serum
Benodigd volume
1 ml
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
2 weken
Resultaat
E/ ml positief, negatief
Uitslag bekend
Bepaling is een verzendBepaling naar het RIVM, Bilthoven
Informatie/ contact
Arts-microbioloog
Algemene informatie
De diagnostiek naar Bordetella pertussis, verwekker van kinkhoest, berust op aantonen van bordetella specifiek nucleïnezuur middels PCR en op serologie. De keuze voor PCR of serologie is afhankelijk van de ziekteduur. Bij een ziekteduur van minder dan drie weken kan B. pertussis nog vaak in Materiaal van de nasopharynx (wat of aspiraat) worden aangetoond. PCR heeft in die situatie de voorkeur vanwege de snelheid waarmee de Uitslag bekend wordt. Een negatieve PCR sluit een bordetella infectie echter niet uit en dient vervolgd te worden met serologie. Als de ziekteduur langer dan drie weken is heeft serologie de voorkeur, behalve bij kinderen <1 jaar bij wie PCR en/of kweek zinvol is ongeacht de ziekteduur (bacterie wordt langer uitgescheiden). De antistofrespons wordt beïnvloed door leeftijd, vaccinatiestatus, reeds eerder doorgemaakte infectie en tijdsverloop sinds de eerste ziektedag. Eénpuntsserologie kan volstaan, maar afhankelijk van de uitslag van het eerste monster kan een tweede serummonster nodig zijn. De immuunrespons kan traag verlopen. Personen die recent (< 1 jaar terug) gevaccineerd zijn met kinkhoestvaccin is tweepuntsserologie noodzakelijk om door middel van titerstijging een recente infectie aan te tonen. Vaccinatie met het accellulaire kinkhoestvaccin kan namelijk een sterke antistofrespons veroorzaken waardoor éénpuntsserologie niet meer betrouwbaar is.
Bepaling
Specifiek DNA van Bordetella pertussis en Bordetella parapertussis (Bordetella PCR)
Techniek
Real time Taqman PCR op ABIprism platform/ in house
Indicatie
Aantonen van een infectie met Bordetella pertussis en/of Bordetella parapertussis
Materiaal
Eswab nasopharynx
Benodigd volume
NVT
Inleverdag
Dagelijks
Uitslag bekend
1 week
Resultaat
Positief, negatief
Opmerkingen
VerzenBepaling UMCU
Informatie/ contact
Arts-microbioloog